Trường Đại học Y khoa Huế được thành lập ngày 28 tháng 3 năm 1957, từ năm 1975 về trước qui mô đào tạo nhỏ, Trường mới đào tạo được trên 200 Bác sĩ. Qua gần 60 năm xây dựng và phát triển đặc biệt hơn 40 năm sau ngày thống nhất đất nước, Trường Đại học Y khoa Huế đã không ngừng vươn lên thực hiện tốt các nhiệm vụ của nhà trường trong công tác đào tạo, nghiên cứu khoa học, khám chữa bệnh và chỉ đạo tuyến y tế cơ sở. Trong gần 60 năm qua, Trường đã đào tạo được gần 20.000 Bác sĩ, Dược sĩ, Cử nhân đại học và đào tạo được hơn 8.000 học viên Sau đại học tốt nghiệp ra trường.
Hiện nay, Trường Đại học Y Dược Huế có 1036 cán bộ viên chức và hợp đồng lao động (692 CBVC-HĐLĐ đang làm việc cơ hữu tại Trường và 344 CBVC-HĐLĐ đang làm việc cơ hữu tại Bệnh viện Trường). Về cán bộ giảng dạy, Trường có 469 cán bộ giảng dạy, trong đó có 103 Tiến sĩ , 241 Thạc sĩ, 02 chuyên khoa cấp II, 04 chuyên khoa I và 119 đại học. Hiện nay, Trường có 60 Giáo sư, Phó giáo sư và 86 giảng viên chính.
Đào tạo Đại học, Trường đang đào tạo 22 ngành và chuyên ngành, trong đó, hệ chính quy 09 ngành (Y đa khoa, Răng Hàm Mặt, Y học Dự phòng, Y học Cổ truyền, Dược học, Điều dưỡng, Xét nghiệm y học, Kỹ thuật hình ảnh y học, Y tế Công cộng); Hệ liên thông chính qui có 07 ngành (Y đa khoa, Y học Dự phòng, Y học Cổ truyền, Dược học, Điều dưỡng, Xét nghiệm y học, Kỹ thuật hình ảnh y học); Hệ liên thông hình thức vừa làm vừa học có 06 ngành và chuyên ngành( Điều dưỡng đa khoa, Điều dưỡng phụ sản, Điều dưỡng Gây mê Hồi sức, Xét nghiệm y học, Kỹ thuật hình ảnh y học, Y tế Công cộng) . Số lượng tuyển sinh hàng năm trên 1500 sinh viên chính quy, đưa quy mô đào tạo Đại học của Trường hiện nay trên 8.500 sinh viên hệ chính quy.
Đào tạo Sau Đại học, Trường đang đào tạo 89 chuyên ngành, trong đó Chuyên khoa cấp I có 32 chuyên ngành; Chuyên khoa cấp II có 29 chuyên ngành; Bác sĩ Nội trú có 8 chuyên ngành; Cao học có 11 chuyên ngành; Nghiên cứu sinh có 9 chuyên ngành. Số lượng tuyển sinh hàng năm trên 600 học viên đưa quy mô đào tạo sau đại học của Trường hiện nay trên 1000 học viên.
Giai đoạn 2011 – 2016 Nhà trường đã hoàn thành nghiệm thu 01 nhiệm vụ Hợp tác theo Nghị định thư với Trung Quốc, đang hoàn tất chuẩn bị nghiệm thu 01 đề tài độc lập cấp Nhà nước, nghiệm thu 14 đề tài cấp Bộ, 4 đề tài cấp Tỉnh, 33 đề tài cấp cơ sở Đại học Huế, 287 đề tài cấp Trường, trên 80 sáng kiến cải tiến được cấp bằng lao động sáng tạo. Đã đăng tải được 1148 bài trên tạp chí trong nước (809 bài ở tạp chí Y Dược học; 339 bài ở Tạp chí cấp ngành) và 73 bài trên tạp chí nước ngoài. Trường có quan hệ hợp tác với trên 130 trường Đại học nước ngoài và các tổ chức y tế thế giới, đã triển khai thực hiện trên 14 dự án quốc tế và đào tạo nghiên cứu khoa học, điều trị bệnh và chăm sóc sức khoẻ cộng đồng.
Lập kế hoạch chiến lược đảm bảo chất lượng giáo dục giai đoạn 2016-2020 và kế hoạch đảm bảo chất lượng giáo dục năm học 2016 -2017. Chuẩn bị các bước cho công tác kiểm định chất lượng cơ sở đào tạo theo tiêu chuẩn của Bộ Giáo dục-Đào tạo. Đã tiến hành đánh giá nội bộ cấp Đại học Huế vào tháng 9/2016 và thực hiện đánh giá ngoài cấp Quốc gia vào tháng 12 năm 2016. Kết quả là Nhà trường đã được công nhận cơ sở giáo dục đạt tiêu chuẩn chất lượng giáo dục cấp Quốc gia theo QĐ số 26/QĐ-KĐCL.
Bệnh viện Trường Đại học Y Dược Huế được thành lập năm 2002 với quy mô ban đầu là 200 giường. Đến nay Bệnh viện đã được công nhận là Bệnh viện Công lập hạng I với gần 650 giường. Đây là mô hình mới, hoạt động theo đơn vị sự nghiệp có thu, tự hoạch toán 100%.
Với đội ngũ thầy thuốc giàu kinh nghiệm và trình độ chuyên môn cao, Bệnh viện được trang bị các trang thiết bị hiện đại trong chẩn đoán và điều trị như CT scan, máy tán sỏi tiết niệu ngoài cơ thể, hệ thống máy siêu âm màu, siêu âm tim gắng sức, siêu âm tim qua thực quản, hệ thống máy nội soi chẩn đoán và can thiệp như nội soi phế quản, nội soi tiêu hoá, nội soi khớp, bàng quang, lồng ngực, phụ sản, các trang thiết bị hiện đại cho hệ thống phòng mổ, máy điều trị khớp bằng kích sốc, hệ thống máy xét nghiệm. Hàng năm Bệnh viện đã tiếp nhận khám chữa bệnh cho trên 1.000.000 người, phẫu thuật trên 10.000 người, điều trị gần 50.000 người, đặc biệt Bệnh viện đã nhận khám chữa bệnh Bảo hiểm y tế cho trên 600.000 lượt.
Để phát triển mũi nhọn trong chẩn đoán và điều trị, tháng 9/2005 Trường đã đưa Trung tâm phẫu thuật các bệnh lý thần kinh sọ não bằng dao Gamma vào hoạt động, đây là thiết bị hiện đại đầu tiên có tại Việt Nam. Sự ra đời của Trung tâm phẫu thuật bằng dao Gamma tại Bệnh viện Trường đã được Bộ Y tế đưa vào một trong 10 sự kiện nổi bật của ngành Y tế Việt Nam năm 2005. Qua 1 năm hoạt động gần đây, Trung tâm đã điều trị trên 1000 bệnh nhân ở trong nước và từ nước ngoài đạt hiệu quả cao. Ngày 19/8/2006, Trường khai trương Trung tâm dao Gamma thân điều trị các khối u ở vùng cổ, vùng ngực, vùng bụng… Đặc biệt trong năm 2015, Trung tâm phẫu thuật bằng dao Gamma của Bệnh viện đã được Bộ trưởng Bộ KHCN và Chủ tịch liên hiệp các hội KHKT Việt Nam trao giải thưởng “Cúp Vàng Top ten thương hiệu Việt năm 2014” tại Hà Nội, và giải thưởng vinh danh tại chương trình “Vì sự nghiệp Ích quốc lợi nhân” trong năm của Ủy ban Kinh tế Quốc hội Việt Nam.
Như vậy, với việc triển khai dao gamma đầu và dao gamma thân, Trung tâm phẫu thuật bằng Dao Gamma của Trường trở thành Trung tâm điều trị bằng dao gamma hoàn chỉnh nhất khu vực Đông Nam châu Á. Tiếp tục triển khai và đưa vào hoạt động nhiều kỹ thuật mới mũi nhọn chuyên sâu tại các Trung tâm Nội soi tiêu hóa, Trung tâm Nội tiết sinh sản và vô sinh, đơn vị sàng lọc trước sinh và sơ sinh...
Trong năm qua Bệnh viện Trường Đại học Y Dược Huế đã đưa vào sử dụng khu khám bệnh ngoại trú và Trung tâm Y học gia đình tại 51 Nguyễn Huệ bằng nguồn vốn tài trợ từ tổ chức AP và Đông Tây Hội Ngộ, việc mở rộng diện tích khám ngoại trú, tăng số lượng bàn khám, phòng khám, giúp bệnh nhân di chuyển dễ dàng, đồng thời giảm thời gian khám bệnh và chờ khám, đảm bảo cho việc phục vụ bệnh nhân tốt hơn.
Đưa công nghệ thông tin vào sử dụng quản lý và khám chữa bệnh toàn viện. Việc sử dụng và ứng dụng công nghệ thông tin vào cải tiến các qui trình tiếp đón bệnh nhân, qui trình thanh toán viện phí, qui trình giám định hậu kiểm hồ sơ bệnh án bệnh nhân BHYT, tạo điều kiện dễ dàng cho bệnh nhân trong thanh toán vào viện, ra viện. Đồng thời cung cấp đầy đủ, nhanh chóng, chính xác số liệu cho mỗi đợt kiểm tra.
Công tác xây dựng Đảng là một nhiệm vụ quan trọng để đảm bảo vai trò lãnh đạo của Đảng. Trong những năm qua, công tác xây dựng Đảng đã có nhiều chuyển biến tích cực trên cả 3 mặt: chính trị, tư tưởng và tổ chức. Đảng Ủy luôn chú trọng nâng cao năng lực lãnh đạo và sức chiến đấu của tổ chức cơ sở Đảng, là hạt nhân chính trị ở cơ sở. Do đó phải dồn sức xây dựng, làm cho tổ chức cơ sở Đảng thật sự trong sạch, chính quyền và đoàn thể chính trị vững mạnh toàn diện. Luôn giữ vững và tăng cường vai trò lãnh đạo và nguyên tắc tổ chức của Đảng trên tất cả các hoạt động. Đảng ủy đề ra và lãnh đạo thực hiện có hiệu quả nhiệm vụ chính trị của Nhà Trường, đề ra các nghị quyết chuyên đề, kế hoạch công tác và những biện pháp cụ thể để lãnh đạo các cấp ủy Đảng, chính quyền xây dựng và thực hiện có hiệu quả nhiệm vụ chính trị, công tác chuyên môn của đơn vị.
Hiện nay, Đảng bộ Trường có 48 tổ chức cơ sở Đảng với số lượng 803 đảng viên là cán bộ viên chức, sinh viên và học viên sau đại học (tính đến tháng 6/2016). Hàng năm, Đảng bộ Trường đã kết nạp từ 50-60 đảng viên mới. Đảng bộ đã làm tốt vai trò lãnh đạo của mình nên trong thời gian qua, Đảng bộ Trường được Ban chấp hành Đảng bộ Đại học Huế công nhận Đảng bộ cơ sở “Trong sạch, vững mạnh”. Các tổ chức quần chúng như Công đoàn, Đoàn Thanh niên, Hội sinh viên, Hội cựu chiến binh dưới sự lãnh đạo của Đảng đã phát huy tốt vai trò chức năng của mình trong tất cả các mặt hoạt động của Trường, góp phần xây dựng Nhà trường phát triển vững mạnh.
Với những kết quả đã đạt được trong những năm qua, Nhà trường đã được tặng thưởng 01 Huân chương Lao động hạng Ba và 01 Huân chương Lao động hạng Nhất, 01 cờ thi đua Chính phủ, 01 cờ thi đua Bộ Giáo dục và Đào tạo, 01 cờ thi đua Bộ Y tế, 31 Huân chương Lao động hạng Ba cho các tập thể và cá nhân giai đoạn 2001-2016, 63 Bằng khen Thủ Tướng Chính phủ cho 14 tập thể, 49 cá nhân, 252 Bằng khen Bộ Giáo dục-Đào tạo. 36 Bằng khen của Uỷ ban Nhân dân các tỉnh Tỉnh Thừa Thiên Huế, Quảng Bình, Quảng Trị, Thừa Thiên Huế, Thành phố Đà Nẵng, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Khánh Hoà, Kon Tum cho các tập thể và cá nhân vì đã có nhiều thành tích xuất sắc trong đào tạo đội ngũ cán bộ y tế cho các Tỉnh miền Trung. 50 Bằng khen của Tổng liên đoàn Lao động, liên đoàn Ngành, Tỉnh và các Bộ khác.