ngày 24/9/1997 Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 797/QĐ-TTg thành lập Trường Đại học Hồng Đức trên cơ sở 3 trường Cao đẳng đã có bề dày đào tạo hơn 40 năm gồm: Cao đẳng Sư phạm, Cao đẳng Kinh tế - Kỹ thuật, Cao đẳng Y tế Thanh Hoá. Đại học Hồng Đức là trường đại học đầu tiên trong hệ thống giáo dục đại học Việt Nam được thành lập theo mô hình mới: Đại học công lập, đa ngành, trực thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh Thanh Hóa và chịu sự quản lý Nhà nước của Bộ Giáo dục và Đào tạo.
Trường được vinh dự mang niên hiệu vua Lê Thánh Tông - một trong những vị hoàng đế anh minh nhất trong lịch sử chế độ phong kiến Việt Nam.
Sự ra đời của Trường Đại học Hồng Đức là niềm tự hào của nhân dân các dân tộc trong Tỉnh. Đây là trường đại học đầu tiên trên quê hương xứ Thanh, mảnh đất giàu truyền thống lịch sử, văn hóa và cách mạng; có truyền thống hiếu học và khoa bảng hàng nghìn năm.
Ngay sau khi có Quyết định thành lập Trường, ngày 24/12/1997, Tỉnh ủy Thanh Hóa đã ban hành Quyết định số 377-QĐ/TU về việc thành lập Đảng bộ Trường Đại học Hồng Đức trực thuộc Đảng uỷ khối cơ quan cấp Tỉnh. Từ tháng 9 năm 2002, Đảng bộ Nhà trường trực thuộc Tỉnh uỷ; Các tổ chức chính trị, đoàn thể trong trường trực thuộc tổ chức đoàn thể cấp Tỉnh.
Bộ máy tổ chức của Nhà trường gồm 24 đơn vị trực thuộc, trong đó có 10 khoa, 7 phòng, 1 ban và 3 trung tâm. Nhà trường có 771 cán bộ, giảng viên, trong đó có: 11 tiến sĩ; 80 thạc sĩ; tỉ lệ cán bộ, giảng viên đạt trình độ sau đại học là 18%.
Trường có 3 cơ sở: Cơ sở 1 (Cao đẳng Sư phạm) tọa lạc tại phường Đông Sơn; cơ sở 2 (Cao đẳng Kinh tế Kỹ thuật) đặt tại phường Trường Thi; cơ sở 3 (Cao đẳng Y tế) tại phường Đông Vệ, thành phố Thanh Hóa.
Năm học đầu tiên 1998 -1999, Nhà trường tuyển sinh đào tạo khóa đầu tiên với 3 ngành bậc đại học là Sư phạm Toán, Sư phạm Ngữ văn, Trồng trọt với tổng số 253 sinh viên; 17 ngành bậc cao đẳng (khối Sư phạm 12 ngành, Kinh tế 2 ngành, Nông Lâm nghiệp 2 ngành, Công nghệ 1 ngành). Số lượng sinh viên các bậc đào tạo là 3.726.
Năm 2004, Khoa Y của Trường tách ra để tái thành lập trường Cao đẳng Y tế Thanh Hóa.
Năm 2007, cơ sở 2 tại phường Trường Thi chuyển về phường Đông Vệ, sau này đây trở thành cơ sở chính của Nhà trường.
Năm 2007, Trường được Thủ tướng Chính phủ quyết định cho đào tạo bậc Sau đại học và ngay trong năm đầu tiên, Bộ Giáo dục và Đào tạo cho phép đào tạo Thạc sĩ chuyên ngành Khoa học cây trồng;
Năm 2011, Ban Giám hiệu và các phòng ban chuyển văn phòng làm việc về cơ sở tại phường Đông Vệ, từ đó cơ sở này trở thành cơ sở chính của Trường. Ngoài hai cơ sở trên, Nhà trường còn có Trung tâm Giáo dục Quốc phòng và An ninh tại xã Quảng Thành, Thành phố Thanh Hoá. Tổng diện tích của cả 3 cơ sở là hơn 70 ha.
Năm 2014, Trường được Bộ Giáo dục và Đào tạo giao nhiệm vụ đào tạo Tiến sĩ 02 chuyên ngành: Khoa học cây trồng và Văn học Việt Nam. Bằng việc hoàn thiện các bậc đào tạo, trường Đại học Hồng Đức đã đánh dấu bước ngoặt quan trọng trong hoạt động đào tạo và phát triển của Nhà trường.
Tổ chức, bộ máy của Nhà trường hiện nay gồm 33 đơn vị trực thuộc, trong đó có: 12 khoa đào tạo; 11 phòng, 3 ban; 6 trung tâm và Trạm Y tế. Đội ngũ cán bộ, giảng viên của Nhà trường hiện có gần 800 người. Trong số 540 giảng viên của Trường có 91,5% người có trình độ thạc sĩ trở lên, trong đó có 16 PGS, 118 Tiến sĩ (tăng gấp hơn 10 lần so với những ngày đầu thành lập).
Trải qua quá trình 20 năm xây dựng và phát triển, Nhà trường đã vinh dự nhận được nhiều bằng khen và các danh hiệu cao quý do Nhà nước tặng: Huân chương Lao động hạng Ba (2002); Huân chương Lao động hạng Nhì (2011), Huân chương Lao động hạng Nhất (2017) và nhiều phần thưởng cao quý khác.
Trường Đại học Hồng Đức có sứ mạng đào tạo nguồn nhân lực đa lĩnh vực có khả năng thích ứng với sự thay đổi của thị trường lao động; nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ phục vụ sự phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh Thanh Hóa và cả nước.
Chất lượng – Hiệu quả - Chuyên nghiệp – Hội nhậpTầm nhìn
Đến năm 2030, Trường ĐHHĐ là địa chỉ tin cậy, có uy tín về đào tạo, nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ ở một số chuyên ngành mũi nhọn thuộc các ngành khoa học tự nhiên, khoa học xã hội, giáo dục, kỹ thuật công nghệ, nông - lâm - ngư nghiệp, kinh tế (mỗi lĩnh vực ngành chọn 1-2 chuyên ngành) đạt trình độ ngang tầm với các trường đại học lớn trong khu vực miền Trung.
Trường Đại học Hồng Đức được tổ chức từ 12 khoa: