1. THỜI KỲ VIỆN ĐẠI HỌC CẦN THƠ (1966 - 1975)
Được thành lập ngày 31 tháng 03 năm 1966, Viện Đại học Cần Thơ có bốn khoa: Khoa học, Luật khoa và Khoa học Xã hội, Văn khoa, Sư phạm (có Trường Trung học Kiểu mẫu) đào tạo hệ Cử nhân, Trường Cao đẳng Nông nghiệp đào tạo hệ kỹ sư và Trung tâm Sinh ngữ giảng dạy chương trình ngoại ngữ cho sinh viên.
Cơ sở vật chất của Viện Đại học Cần Thơ tọa lạc trên 4 địa điểm:
- Tòa Viện trưởng (Số 5, đại lộ Hoà Bình): là nơi tâp trung các bộ phận hành chính của Viện.
- Khu I (đường 30/4): diện tích hơn 5 ha là khu nhà ở, lưu trú xá nữ sinh viên, Trường Trung học Kiểu mẫu, Trường Cao đẳng Nông nghiệp và nhà làm việc của các khoa.
- Khu II: (đường 3/2): diện tích 87 ha, là khu nhà học chính của Trường.
- Khu III: (số 1, Lý Tự Trọng): diện tích 0,65 ha, là cơ sở đào tạo đầu tiên gồm khoa Khoa học và Thư viện.
2. ĐHCT GIAI ĐOẠN SAU NĂM 1975
Viện Đại học Cần Thơ được đổi thành ĐHCT. Lúc này, chương trình đào tạo và sinh viên cũ của Khoa Sư phạm và Cao đẳng Nông nghiệp được tiếp tục đào tạo tại Khoa Sư phạm Tự nhiên và Khoa Nông nghiệp của ĐHCT. Sinh viên của các khoa khác hoặc được gởi lên các trường đại học ở Thành phố Hồ Chí Minh hoặc được chuyển vào các chuyên ngành đang đào tạo tại Trường.
Sau năm 1975, Khoa Sư phạm được tách thành Khoa Sư phạm Tự nhiên và Khoa Sư phạm Xã hội đào tạo giáo viên phổ thông trung học gồm Toán học, Vật lý học, Hóa học, Sinh vật học, Văn học, Lịch sử, Địa lý, và Ngoại ngữ. Sau đó mở rộng thành 5 Khoa: Toán - Lý (1980), Hóa - Sinh (1980), Sử - Địa (1982), Ngữ văn (1983) và Ngoại ngữ (1983).
Trường Cao đẳng Nông nghiệp được đổi tên thành Khoa Nông nghiệp, đào tạo 2 ngành Trồng trọt và Chăn nuôi. Đến năm 1979, Khoa Nông nghiệp được mở rộng thành 7 Khoa: Trồng trọt (1977), Chăn nuôi - Thú y (1978), Thủy nông và Cải tạo đất (1978), Cơ khí Nông nghiệp (1978), Chế biến và Bảo quản Nông sản (1978), Kinh tế Nông nghiệp (1979), và Thủy sản (1979).
Năm 1978, Khoa Đại học Tại chức được thành lập, có nhiệm vụ quản lý và thiết kế chương trình bồi dưỡng và đào tạo giáo viên phổ thông trung học và kỹ sư thực hành chỉ đạo sản xuất cho các tỉnh ĐBSCL. Thời gian đào tạo là 5 năm. Từ năm 1981 do yêu cầu của các địa phương, công tác đào tạo tại chức cần được mở rộng hơn và Trường đã liên kết với các tỉnh mở các trung tâm Đào tạo - Bồi dưỡng Đại học Tại chức mà tên gọi hiện nay là Trung tâm Giáo dục Thường xuyên: Tiền Giang - Long An - Bến Tre, Vĩnh Long - Đồng Tháp, Cần Thơ, An Giang, Sóc Trăng, Trà Vinh, Kiên Giang và Minh Hải.
Năm 1987, để phục vụ phát triển kinh tế thị trường phù hợp với chính sách đổi mới của Đảng và Nhà nước, Khoa Kinh tế Nông Nghiệp đã liên kết với Trường Đại học Kinh tế Thành phố Hồ Chí Minh mở thêm 4 ngành đào tạo Cử nhân Kinh tế: Kinh tế Tài chính - Tín dụng, Kinh tế Kế toán Tổng hợp, Kinh tế Ngoại thương và Quản trị Kinh doanh. Tương tự, năm 1988, Khoa Thủy nông đã mở thêm hai ngành đào tạo mới là Thủy công và Công thôn đáp ứng nhu cầu xây dựng nhà cửa và cầu đường nông thôn ở ĐBSCL.
Năm 1990, Khoa Toán Lý mở hệ cao đẳng đào tạo 2 ngành: Điện tử và Tin học và nâng cấp xưởng điện tử thành Trung tâm Điện tử - Tin học.
Ngoài việc thành lập và phát triển các khoa, ĐHCT còn tổ chức các Trung tâm NCKH nhằm kết hợp có hiệu quả 3 nhiệm vụ Đào tạo - NCKH - Lao động sản xuất. Từ năm 1985 đến năm 1992 có 7 Trung tâm được thành lập: Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển Công nghệ Sinh học (1985), Năng lượng mới (1987), Nghiên cứu và Phát triển Hệ thống Canh tác ĐBSCL (1988), Điện tử - Tin học (1990), Nghiên cứu và Phát triển Tôm-Artemia (1991), Ngoại ngữ (1991), Thông tin Khoa học & Công nghệ (1992).
Tháng 4 năm 2003, Khoa Y- Nha - Dược được tách ra để thành lập Trường Đại học Y- Dược trực thuộc Bộ Y Tế.
Trong suốt quá trình hình thành và phát triển, Trường luôn nhận được sự quan tâm, hổ trợ của Nhà nước, Chính phủ và Bộ chủ quản.
Trường gồm các khoa:
› Khoa Công nghệ
› Khoa Công nghệ Thông tin & Truyền thông
› Khoa Dự bị Dân tộc
› Khoa Khoa học Chính trị
› Khoa Khoa học Tự nhiên
› Khoa Khoa học Xã hội & Nhân văn
› Khoa Kinh tế
› Khoa Luật
› Khoa Môi trường & Tài nguyên Thiên nhiên
› Khoa Ngoại ngữ
› Khoa Nông nghiệp & Sinh học Ứng dụng
› Khoa Phát triển Nông thôn
› Khoa Sau đại học
› Khoa Sư phạm
› Khoa Thủy sản