Học viện Hành chính Quốc gia tiền thân là Trường Hành chính được thành lập ngày 29/5/1959. Lúc đó trường có nhiệm vụ huấn luyện cán bộ cấp huyện. Cơ sở ban đầu của trường đặt ở thôn Phù Lưu, Tân Hồng, Từ Sơn, Bắc Ninh. Ông Tô Quang Đẩu - Thứ trưởng Bộ Nội vụ làm Hiệu trưởng.
Ngày 29/9/1961, theo nghị định số 130-CP của chính phủ, trường Hành chính được đổi tên thành trường Hành chính Trung ương.
Năm 1991, trường Hành chính Trung ương được đổi tên hành Trường Hành chính quốc gia.
Ngày 06/7/1992, trường mang tên mới là Học viện Hành chính quốc gia.[1]
Năm 1996, Học viện bắt đầu tổ chức đào tạo hệ đại học.[2]
Năm 2002, Học viện Hành chính quốc gia được chuyển vào Bộ Nội vụ (Việt Nam).[3] Cùng năm, Học viện tổ chức đào tạo Hệ nghiên cứu sinh.
Ngày 07/5/2007, Bộ Chính trị đã ra quyết định hợp nhất Học viện Hành chính quốc gia và Học viện Chính trị quốc gia Hồ Chí Minh thành Học viện Chính trị - Hành chính quốc gia Hồ Chí Minh. Trường mang tên Học viện Hành chính.
Thực hiện kết luận Hội nghị Trung ương 7 (Khóa XI), Học viện chuyển về trực thuộc Bộ Nội vụ. Và theo kết luận tại phiên họp thường kỳ tháng 11/2013 của Chính phủ, Học viện lấy tên gọi Học viện Hành chính Quốc gia.