Trường Đại học Phú Yên được thành lập theo Quyết định số 112/QĐ-TTg ngày 24/1/2007 của Thủ tướng Chính phủ trên cơ sở Trường Cao đẳng Sư phạm (CĐSP) và Trường Trung học Kinh tế – Kĩ thuật (THKT-KT) Phú Yên.
Tiền thân của Trường CĐSP Phú Yên là sự nối tiếp và phát triển các trường: Trường Sư phạm đồng bằng (1970), Trường Trung cấp Sư phạm Phú Yên (1975), Trường Trung học Sư phạm Phú Khánh (1976), Trường Trung học Sư phạm Phú Yên và Cơ sở Cao đẳng Sư phạm Phú Yên (1989), Trường Sư phạm Phú Yên (1990), Trường CĐSP Phú Yên (1995 – 2007).
Tiền thân của Trường THKT-KT Phú Yên là sự nối tiếp và phát triển các trường: Trường Nông nghiệp Hoà An (1975) và Trường Hợp tác hoá Nông nghiệp (1978), Trường Trung học Nông nghiệp Phú Khánh (1980), Trường Trung học Nông nghiệp Phú Yên (1989), Trường THKT-KT Phú Yên (1995 – 2007).
Cơ cấu tổ chức của trường gồm 25 đơn vị trực thuộc Ban Giám hiệu. Đó là: Phòng Tổ chức - Cán bộ, Đào tạo, Hành chính – Quản trị, Kế hoạch – Tài chính, Quản lí khoa học – Hợp tác quốc tế, Học sinh - Sinh viên, Thanh Tra, Khảo thí và Đảm bảo chất lượng, Thư viện; Ban quản lý ký túc xá; Trung tâm Ngoại ngữ - Tin học, Trung tâm ứng dụng Kỹ thuật Nông nghiệp - Sinh học, Trung tâm hỗ trợ sinh viên; Tạp chí Khoa học; các Khoa Kỹ thuật - Công nghệ, Khoa học tự nhiên, Khoa học xã hội và nhân văn, Ngoại ngữ, Giáo dục Tiểu học và Giáo dục Mầm non, Kinh tế, Nông nghiệp, Giáo dục Thể chất và Giáo dục Quốc phòng, Nghệ thuật, Lí luận chính trị, Tâm lý giáo dục.
Trong 10 năm (2007-2017), đội ngũ cán bộ giảng viên Trường Đại học Phú Yên đã không ngừng phát triển cả về số lượng và chất lượng, nâng tổng số cán bộ giảng viên toàn trường lên 254 người (giảng viên 162; nhân viên 92). Nhiều cán bộ, viên chức của trường đã được rèn luyện, trưởng thành trong quá trình xây dựng nhà trường, có phẩm chất đạo đức tốt, trình độ chuyên môn vững vàng và là lực lượng đảm bảo giữ vững và từng bước nâng cao chất lượng đào tạo và nghiên cứu khoa học. Trường Đại học Phú Yên đang triển khai chiến lược xây dựng đội ngũ cán bộ giảng viên và định hướng đến năm 2020 với mục tiêu: đủ về số lượng, đảm bảo về chất lượng, đồng bộ về cơ cấu, đáp ứng nhu cầu đào tạo đa ngành, đa cấp: đến năm 2020 có 60% thạc sĩ, 35% tiến sĩ trong tổng số giảng viên tương ứng với quy mô đào tạo khoảng 12.500 sinh viên, học sinh vào năm 2020.
Trường Đại học Phú Yên có tổng diện tích 30 ha. Chủ yếu đã xây dựng trên diện tích cơ sở 1 đáp ứng quy mô đào tạo khoảng 5.000 SVHS. Tổng diện tích sàn 11.250 m2; trong đó, nhà học: 2.417 m 2, thư viện: 1.236 m2, giảng đường (200 chỗ): 298 m2, nhà học đặc thù: 981 m2, nhà tập đa chức năng: 940 m2, ký túc xá (800 chỗ): 2.668 m2, nhà ăn: 1.038 m2, 2 phòng thí nghiệm vật lý: 145 m2, 2 phòng thí nghiệm hoá: 145 m2, 2 phòng thí nghiệm sinh học: 145 m2, 3 phòng thực hành nhạc: 184 m2, 4 phòng thực hành vi tính: 245 m2, 1 phòng LAB: 49 m2.
Hệ thống ngành đào tạo của Trường Đại học Phú Yên chủ yếu thuộc các nhóm ngành: Sư phạm, Kỹ thuật – Công nghệ, Nông nghiệp, Kinh tế, Khoa học Xã hội – Nhân văn, Khoa học Tự nhiên và Ngoại ngữ. Đến năm học 2016 – 2017, trường có 13 mã ngành đại học, 7 mã ngành cao đẳng; quy mô đào tạo 2.841SVHS và học viên bao gồm tất cả các hệ, các loại hình đào tạo: chính quy, vừa làm vừa học, liên thông, liên kết.
- Về đào tạo, đến năm 2020 mở được 30 ngành đại học, 5 ngành cao học, 2 ngành nghiên cứu sinh. Quy mô đào tạo, đến năm 2020: 15.000 SVHS, học viên; bao gồm các hệ, loại hình đào tạo: chính quy, vừa làm vừa học, liên thông, liên kết. Mở rộng quy mô và chỉ tiêu đào tạo theo hướng phát huy thế mạnh đào tạo sư phạm; ưu tiên phát triển đào tạo các ngành kinh tế, kĩ thuật – công nghệ, nông nghiệp và văn hoá – du lịch.
- Về nghiên cứu khoa học, đến năm 2020 có khoảng 50 đề tài/năm; riêng giai đoạn 2015 – 2020, số đề tài cấp bộ, cấp tỉnh tăng 2 lần so với giai đoạn 2010 – 2015. Đến năm 2020, hình thành một số nhóm nghiên cứu có sự tham gia của các nhà khoa học nổi tiếng trong nước; có sản phẩm nghiên cứu được sử dụng cho việc xây dựng chiến lược phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh Phú Yên, của khu vực Nam Trung Bộ và Tây Nguyên, giải quyết được các vấn đề đặt ra từ các doanh nghiệp và được giới học thuật trong nước đánh giá cao và tham khảo để nghiên cứu nối tiếp.