Ngày 26 tháng 4 năm 1955 theo Quyết định số 1125/QF/TTL của Bộ Quốc Phòng, Trường Huấn luyện Bờ Bể (tiền thân của Học viện Hải quân) được thành lập. Từ đó đến nay Trường đã 5 lần đổi tên:
- Năm 1959: Trường huấn luyện Hải quân.
- Năm 1961: Trường Hải quân Việt Nam.
- Năm 1979: Trường Sĩ quan Hải quân Việt Nam.
- Năm 1980: Trường Sĩ quan chỉ huy - kỹ thuật Hải quân.
- Năm 1993 đến nay là Học viện Hải quân.
- Trường Huấn luyện Bờ Bể (mật danh là C45) thành lập 26/4/1955 có 2 nhiệm vụ
Huấn luyện, đào tạo cán bộ thủy binh cho các thủy đội và đài quan sát
Cùng Bộ Quốc phòng nghiên cứu kế hoạch Huấn luyện và hoạt động của Hải quân.
- Sau 3 tháng thành lập, khóa học đầu tiên gồm 400 học viên đã tốt nghiệp ra trường, tiếp nhận 50 thuyền máy, ca nô của Xưởng 46; ngày 24/8/1955 thành lập 2 thuỷ đội “Sông Lô” và “Bạch Đằng” tích cực tham gia Tuần tiễu , gìn giữ an ninh trật tự trên các vùng biển, tiêu diệt thổ phỉ, biệt kích, chống địch dụ giỗ, cưỡng ép nhân dân di cư vào Nam.
- Ngày 24/01/1959 Cục phòng thủ Bờ biển đổi tên thành “Cục Hải quân” và Trường Huấn luyện Bờ Bể được đổi tên thành Trường “Huấn luyện Hải quân”. Ngày 31/3/1959 Trường được Bác Hồ đến thăm Bác ân cần nhắc nhở cán bộ, công nhân viên, học viên, chiến sĩ Nhà trường “Dù ở cương vị nào cũng phải rèn luyện toàn diện, học tập và phấn đấu không ngừng để bản thân tiến bộ và xây dựng Hải quân mau chóng trưởng thành”
- Từ năm (1955-1964), Nhà trường đã hoàn thành tốt 7 khóa huấn luyện gồm 66 lớp đào tạo, 16 lớp bổ túc cán bộ, 05 khóa sĩ quan dự bị cho 584 học viên, đáp ứng kịp thời về nhu cầu cán bộ, nhân viên để xây dựng các đơn vị tàu chiến đấu của Hải quân Việt Nam với chất lượng ngày càng cao.
- Tháng 01/1961 Trường “Huấn luyện Hải quân” được đổi tên thành Trường “Hải quân Việt Nam”. Nhiệm vụ của Trường là xây dựng củng cố cơ bản về chính trị, tư tưởng, biên chế tổ chức và nền nếp chính quy, làm cơ sở cho việc tiếp thu những trang bị mới, thực hiện một bước quan trọng để mở màn cho thực hiện kế hoạch 5 năm xây dựng Trường tiến lên “Trường Hải quân tổng hợp, chính quy và hiện đại”.
- Tháng 2 và 3 /1965 tại Đồng Hới, Sông Gianh 27 học viên của Trường đi thực tập ở khu tuần phòng 2 đã trực tiếp chiến đấu đánh máy bay và tàu chiến Mỹ, 15 dồng chí được khen thưởng với 03 Huân chương chiến công, 09 bằng khen và 03 giấy khen.
- Trong trận thử lửa ở Hòn Gai khu tuần phòng 1, có gần 40 học viên mới ra Trường đã tham gia chiến đấu, có 20 đồng chí được khen thưởng
- Ngày 20/12/1965 đơn vị trực chiến của Nhà trường đã bắn rơi 01 máy bay A3J của giặc Mỹ tại khe Cái Lá, Động Linh, Quảng Ninh.
- Tháng 2/1966 Mỹ phong tỏa Miền Bắc nước ta bằng thủy lôi, bom từ trường, nhiều cán bộ, giảng viên, học viên của Trường được tăng cường làm nhiệm vụ rà phá. Hàng ngàn quả thủy lôi, bom từ trường đã được vô hiệu hóa, làm cho chiến dịch phong tỏa đường biển của địch bị thất bại, góp phần làm thất bại chiến tranh phá hoại Miền Bắc lần thứ nhất của Mỹ.
- Ngày 25/7/1967 Bộ Tư lệnh có quyết định 210/QĐ sát nhập trường Quân chính Quân khu Đông Bắc vào Trường Hải quân Việt Nam, tổ chức Nhà trường được kiện toàn gồm 4 phòng (Phòng Giáo viên; Phòng Tham mưu; Phòng Chính trị; Phòng Hậu cần). Hai vấn đề được cán bộ giáo viên nghiên cứu là vũ khí đánh của đặc công nước đoàn 126, cách đánh tàu chiến của đoàn 172…
- Ngày 05/8/1967 trên đồi 20 Tiên Yên, Quảng Ninh đại đội 4 của Nhà trường trực chiến đã bắn rơi 01 máy bay phản lực của Mỹ, đơn vị được thưởng Huân chương Chiến công Hạng 3.
- Từ năm 1969 – 1973 nhà Trường được giao nhiệm vụ đào tạo cán bộ chỉ huy tàu, cán bộ chiến sĩ một số ngành kỹ thuật, bổ túc cán bộ trung cấp quân sự, sơ cấp chính trị, huấn luyện tân binh và đặc công nước. Đầu năm 1971 nhà Trường tham gia chiến dịch vận tải hàng hóa từ Hải Phòng vào khu 4 chi viện cho chiến trường Miền Nam.
- Ngày 16/4/1972 tàu T-624 và T-140 của Nhà trường phối hợp với quân dân Thành phố Cảng Hải Phòng, bắn rơi nhiều máy bay địch, được Thủ trưởng Bộ Tư lệnh Hải quân và lãnh đạo thành phố Hải Phòng khen thưởng.
- Có thể khẳng định giai đoạn 1955-1975 là thời gian thử thách đầy khó khăn, gian khổ đối với Nhà trường, đặc biệt trong thời kỳ chống Mỹ cứu nước. Nhà trường đã nỗ lực phấn đấu, xây dựng và trưởng thành, hoàn thành xuất sắc mọi nhiệm vụ được giao, được Đảng ủy Quân chủng tặng 16 chữ vàng truyền thống.“Tích cực chủ động; Khắc phục khó khăn; Đoàn kết kỷ luật; Dạy tốt học tốt”.
- Tháng 9/1975 Tư lệnh Hải quân ra Chỉ thị 1005/TL quyết định chia Trường Sĩ quan Hải quân thành 2 trường: Sĩ quan Hải quân 1 (tại Quảng Yên-Quảng Ninh) có nhiệm vụ: đào tạo và bổ túc cán bộ trung cấp chỉ huy tham mưu, đào tạo cán bộ thủy quân cho nước bạn Lào, chuẩn bị mọi mặt cho xây dựng Học viện Hải quân, cơ cấu Nhà trường gồm (Phòng Tham mưu HL, Phòng Giáo viên; Phòng Chính trị; Phòng Hậu cần; phân đội tàu HL); Trường Sĩ quan Hải quân 2 (tại Nha Trang) có nhiệm vụ đào tạo Hải quân sơ cấp; tiếp quản cơ sở vật chất, trang thiết bị của Hải quân Ngụy để lại.
- Tháng 1/1979 Nhà trường cử 176 học viên khóa 20 thực tập tại lữ đoàn 171 và trực tiếp tham gia chiến đấu tại biên giới Tây –Nam, nhiều tấm gương đã chiến đấu anh dũng xả thân vì Tổ quốc như: Liệt sĩ Nguyễn Duy Tiến, Trần Anh Linh;
- Tháng 7/1979 Tư lệnh Hải quân đã ký quyết định sát nhập 2 trường Sĩ quan Hải quân 1 và 2 thành Trường Sĩ quan Hải quân Việt Nam có nhiệm vụ:Đào tạo sĩ quan chỉ huy và trưởng ngành kỹ thuật tàu mặt nước; bổ túc cán bộ trung sơ cấp Hải quân; HL sĩ quan dự bị; đào tạo, bổ túc sĩ quan Hải quân cho lào và Cam-pu-chia, nghiên cứu biên soạn tài liệu, các đề tài công trình khoa học phục vụ nhiệm vụ chiến đấu và huấn luyện của Quân chủng Hải quân và từng bước chuẩn bị thành lập Học viện Hải quân; tháng 9/1979 Trường sĩ quan Hải quân 1 chuyển từ Quảng Yên vào Nha Trang; từ năm 1979 trường Sĩ quan Hải quân trở thành một trong những Trường Quân đội chính quy hóa quá trình đào tạo.
- Tháng 10/1980 Bộ Trưởng Quốc phòng ký Quyết định 610/QĐQP; Trường Sĩ quan Hải quân Việt Nam đổi thành Trường Sĩ quan Chỉ huy - Kỹ thuật Hải quân; với 7 loại hình đào tạo: Sĩ quan hoa tiêu; Sĩ quan pháo tên lửa; Sĩ quan mìn ngư lôi; Sĩ quan cơ điện; Sĩ quan thông tin và thiết bị kỹ thuật vô tuyến; Sĩ quan chính trị Hải quân; cán bộ chỉ huy tàu sông (cho thủy quân nước bạn Lào).
- 2/1982 Trường sĩ quan chỉ huy kỹ thuật Hải quân được công nhận là Trường Cao đẳng quân sự, áp dụng chế độ tuyển sinh từ 2 nguồn quân nhân trong quân đội và thanh niên tốt nghiệp phổ thông trung học.
- Từ năm 1979-1985 nhiều tập thể, cá nhân của Trường được tặng thưởng: 06 đơn vị được công nhận đơn vị quyết thắng, 02 đồng chí được tặng danh hiệu chiến sĩ quyết thắng, 204 chiến sĩ thi đua, 463 đồng chí được tặng bằng khen. Được Bộ trưởng Bộ Quốc phòng tặng cờ “đơn vị xuất sắc”.
- Trường sĩ quan chỉ huy kỹ thuật Hải quân đã đào tạo sĩ quan bậc cao đẳng từ năm 1983, giai đoạn 1986 – 1991 đào tạo bậc cao đẳng cho các khóa có thời gian 3 năm và 4 năm.
- Tháng 3/1988, học viên của Nhà trường đi thực tập và tham gia chiến đấu bảo vệ chủ quyền quần đảo Trường Sa, 2 đồng chí Nguyễn Bá Cường và Kiều Hồng Lập đã anh dũng hy sinh.
- Từ 1989 đến nay, với khẩu hiệu “Vì Trường Sa thân yêu” cán bộ, học viên của Nhà trường
đã tham gia vận chuyển hàng vạn tấn hàng xây dựng cho quần đảo Trường Sa bảo đảm an toàn… (CQ 88 có 1157 lượt cán bộ, học viên tham gia chuyển được 23.087 tấn vật tư hàng hóa lên 07 đảo an toàn; CQ-89 có 720 lượt cán bộ, học viên tham gia 15 đội chuyển tải đưa 3021 tấn hàng xây dựng 04 đảo); hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ chiến đấu và phục vụ chiến đấu của Quân chủng, góp phần bảo vệ vững chắc, toàn vẹn chủ quyền vùng biển, đảo, thềm lục địa của Tổ quốc.
- Tháng 01 /1992 Bộ Tư lệnh hải quân quyết định sát nhập Trường Đảng Hải quân vào Trường Sĩ quan chỉ huy kỹ thuật Hải quân; từ đây Nhà trường có thêm nhiệm vụ bồi dưỡng, bổ túc lý luận cho cán bộ Hải quân.
- Tháng 04/1993 Bộ trưởng Bộ quốc phòng quyết định 125/QĐ-QP nâng cấp Trường sĩ quan chỉ huy kỹ thuật Hải quân thành Học viện Hải quân.
- Ngày 20/12/1995 Chính phủ đã ra Quyết định 836/TTg về việc giao nhiệm vụ đào tạo bậc Đại học cho Học viện Hải quân, quyết định xác định rõ “Giao nhiệm vụ đào tạo bậc Đại học cho Học viện Hải quân thuộc Bộ Quốc Phòng; văn bằng Đại học của Học viện Hải quân là văn bằng thuộc hệ thống và văn bằng Quốc gia”…
- Ngày 01/03/1999, Thủ tướng Chính phủ ra Quyết định số 30/1999/QĐ-TTg về việc giao nhiệm vụ đào tạo Tiến sĩ cho HVHQ.