Học phí trung bình cho một năm của sinh viên của trường:
Nhóm 1: 8.100.000 đồng/ năm
- Khoa Công nghệ: Ngành Quản lý công nghiệp.
- Khoa Sư phạm, Khoa Ngoại ngữ, Khoa Khoa học Chính trị, Bộ môn Giáo dục thể chất (trừ các ngành sư phạm được miễn học phí); Khoa Nông nghiệp và Sinh học ứng dụng (trừ ngành Công nghệ thực phẩm); Khoa Kinh tế; Khoa Luật; Khoa Phát triển nông thôn (trừ ngành Công nghệ Thông tin và ngành Kỹ thuật công trình xây dựng); Khoa Khoa học Xã hội và Nhân văn (trừ ngành Việt Nam học); Khoa Thuỷ Sản (trừ ngành Công nghệ Chế biến thủy sản); Viện Nghiên cứu Phát triển ĐBSCL.
Nhóm 2: 9.600.000 đồng/ năm
- Ngành Công nghệ chế biến thuỷ sản (Khoa Thuỷ sản); Ngành Việt Nam học (Khoa Khoa học Xã hội và Nhân văn); Ngành Công nghệ thực phẩm (Khoa Nông nghiệp và Sinh học ứng dụng); Ngành Công nghệ thông tin và ngành Kỹ thuật công trình xây dựng (Khoa Phát triển nông thôn).
- Khoa Công nghệ Thông tin và Truyền thông; Khoa Môi trường và Tài nguyên Thiên nhiên; Khoa Khoa học Tự nhiên; Khoa Công nghệ (trừ ngành Quản lý công nghiệp); Viện NC&PT Công nghệ sinh học;
Các ngành sư phạm: miễn học phí (cho những học phần trong chương trình đào tạo).
Lưu ý: đóng học phí theo quy định đối với những học phần ngoài chương trình đào tạo và học cải thiện.